A primeira geração da Hayabusa era chamada de GSX1300R e era impulsionada por um motor de 1.299cc com 4 cilindros em linha, refrigerado a água. Esse motor permaneceu praticamente inalterado até o modelo 2008 ser lançado no mercado. Originalmente, o motor de 1.299cc é capaz dos seguintes números:
* 1/4 de milha (402m): 10.02s @ 231.26km/h
* 60-130 km/h: 3.13s
* 130-160 km/h: 3.31s
* Velocidade Máxima: 317km/h (recorde aferido pelo Guinness Book de 2000 e 2004)
* Potência: 180 cv (157cv @ 9.800 rpm, medido na roda traseira)

